En el año 2001 se crea como parte del Instituto de Estudios Judiciales del Poder Judicial del Estado de Puebla, el Centro Estatal de Mediación, un órgano encargado de la promoción y difusión de la mediación, el cual brindaba a quienes sostuviesen un conflicto, la posibilidad de resolverlos de forma extraprocesal, prevaleciendo la voluntad de éstos y evitando así procedimientos jurisdiccionales largos y costos.
Posteriormente, en el año 2005, con la entrada en vigor del nuevo Código de Procedimientos Civiles para el Estado Libre y Soberano de Puebla, se incluyó a los Mecanismos Alternativos de Solución de Controversias, de manera oficial en el articulo 832 del Libro Sexto Medios Alternativos a la Administración de Justicia.
En el año 2013 entró en vigor el primer instrumento jurídico de carácter local en materia de mecanismos alternativos de solución de controversias en el Estado, el cual recibió el nombre de "Ley del Centro Estatal de Mediación".
De la exposición de motivos del Decreto del Honorable Congreso del Estado, publicado en el Periódico Oficial el día nueve de enero de dos mil diecisiete, por la que se expidió la Ley Orgánica del Poder Judicial del Estado vigente en esa fecha, se advirtió que el Centro Estatal de Mediación, continuaría en funcionamiento bajo la denominación de Centro de Justicia Alterativa y fungiría como órgano auxiliar del Consejo de la Judicatura.
Por Acuerdo del Consejo de la Judicatura funcionando en Pleno el 8 de septiembre de 2021,se crea el Órgano Especializado en Mecanismos Alternativos de Solución de Controversias en Materia Penal del Poder Judicial del Estado de Puebla y se establece que el Centro de Justicia Alternativa tendría el carácter de Órgano Auxiliar del Consejo de la Judicatura del Poder Judicial del Estado de Puebla.
En fecha 26 de enero del año 2024 se publica en el Diario Oficial de la Federación, la Ley General de Mecanismos Alternativos de Solución de Controversias, misma que entraría en vigor al día siguiente y donde se contemplarían nuevas figuras como las personas abogadas colaborativas, las personas facilitadoras en el ámbito privado, los mecanismos alternativos en materia administrativa, entre otras.
Por lo que hace a nuestro Estado, se prevé la expedición de una nueva ley de carácter local en la materia, así como diversas reformas a la demás normativa aplicable, procurando lograr una armonía con la Ley General de la materia, siendo este el instrumento del cual emana.
Actualmente, nuestra Titular es la lic. Rosa María Morales Cisneros, quien fuese designada a dicho encargo en el año 2023, ha sido parte de una transición significativa concerniente al Centro en lo relacionado a su funcionamiento y gestión, procurando la proyección y alcance de los mecanismos alternativos a todos aquellos que lo soliciten o desconozcan acerca de las bondades de estos y la trascendencia de los acuerdos alcanzados a través de los mismos; incentivando la profesionalización y actualización de las personas facilitadoras que forman parte de la plantilla del Centro, haciéndole frente a los retos presentes y futuros que con la entrada en vigor de la Ley General de Mecanismos Alternativos de Solución de Controversias, primer ordenamiento en materia de medios alternos de solución de conflictos habrán de presentarse.